1964年10月，西北高原所从事盐湖研究的8人参与筹建中国科学院青海盐湖研究所的工作。

　　1965年中国科学院遵照中央三线建设的精神，经第五次院常务会议决定，将中国科学院动物研究所动物生态室和昆虫生态室、中国科学院华北生物研究所动物研究室和植物研究室整体迁入西宁与西北高原生物研究所合并（动物所因“文化大革命”开始只到了部分人员），并以中国科学院植物研究所植物生态研究室、中科院西北水土保持生物土壤研究所调少数研究人员到西北高原所。计划把西北高原所建成全国生态研究中心。“文革”开始以后，人员调整随之推迟或大部分取消，成立全国生态研究中心的计划落空。但1965年至1966年前后调入西北高原所的大批科研人员都成了随后几十年研究所的中坚力量。